Fußball wurde in Zell bei Zellhof bereits vor der Gründung der Union gespielt. Am 15. August 1947 fand das erste Freundschaftsspiel gegen Unterweißenbach statt. Gespielt wurde damals auf einem 60 x 20 Meter großen Spielfeld mit zwei eckigen Holztoren und einem Gefälle von eineinhalb Metern, das sich entlang des Aubaches beim heutigen Badesses befand. 

Im Jahre 1952 bildete sich in Zell bei Zellhof ein Proponentenkomitee, bestehend aus Siegfried Fröhlich, Pfarrer Max Kelischek und Friedrich Puchberger, zur Gründung eines Sportvereines.

Erstmals betreiligte sich Zell bei Zellhof 1956 an der Bezirksmeisterschaft und wurde auf Anhieb Meister. In 10 Spielen wurden ebenso viele Siege errungen und ein Torverhältnis von 48:15 erzielt.

Im Jahre 1958 wurde Zell bei Zellhof abermals Bezirkssieger.

In der Saison 1959/1960 erfolgte der Einstieg in die Fußballmeisterschaft . In der "3. Klasse Unteres Mühlviertel" spielten damals 11 Vereine und Zell bei Zellhof belegte Rang 10. 

Nach der Herbstmeisterschaft 1962 wurde die Teilnahme an der Meisterschaft zurückgezogen. 

Auf Initiative von Siegfried Fröhlich, Horst Hametner und FRiedrich Puchberger stieg Zell bei Zellhof wieder in den Meisterschaftsbetrieb (4. Klasse) ein und ist bis heute durchgehend vertreten.

Aufstieg in die 3. Klasse im Jahr 1971, weil die 4. Klasse aufgelöst wurde.

1976 wird aus der Union Zell bei Zellhof die Union Bad Zell. 

Obwohl das Durchschnittsalter nur 23 Jahre betrug konnte 1979 der Herbstmeistertitel errungen werden, mit 7 Siegen, 2 Unentschieden und nur einer Niederlage. Das Frühjahr verlief nicht mehr ganz so erfolgreich, durch eine unglückliche Niederlage in Ried/Riedmark wurde der erhoffte Meistertitel knapp verpasst. 

1981 erreichte Union Bad Zell sensationell das Finale des Mühlveirtelr Cups gegen die Union Lembach, was jedoch 0:3 verloren ging. 

Die Saison 1989/1990 bescherte Bad Zell eine völlig neu zusammengestellte Zehnerliga mit fünf Neueinsteigern. Nach einem sehr ausgeglichenen Herbst wurden wir abermals Herbstmeister. Da diesmal auch der Frühjahr sehr erfolgreich verlief, stiegen wir erstmals in der Vereinsgeschichte in die 1. Klasse auf.

Leider erfolgte schon in der nächsten Saison wieder der Abstieg in die 2. Klasse.

In den Saisonen 1994/1995 bis 1996/1997 gab es eine Spielgemeinschaft mit der Union Rechberg.

Die Saison 1997/1998, nach der Auflösung der Spielgemeinschaft, wurde völlig überraschend zur 2. Meistersaison.

Das zweite Jahr in der 1. Klasse verlief leider alles andere als erfolgreich und so sind wir nach zwei Jahren Erstklassigkeit wieder abgestiegen.

Durch große Erfolge von Reserve und vom Nachwuchs war es nur mehr eine Frage der zeit, bis wir unser Zeil vom erneuten Aufstieg realisieren konnten, im Spieljahr 2006/2007 war es dann endlich soweit.  

Diesmal wollten wir aber nicht mehr so schnell die 1. Klasse verlassen. Sensationell passierte es unter Trainer Anton "Trappatoni" Schmalzer in der Saison 2008/2009 doch wieder. Jedoch wurden wir Meister der 1. Klasse und stiegen somit in die Bezirksliga auf.

Das erste Jahr in der Bezirksliga war eine tolle Erfahrung, als fairste und jüngste Mannschaft konnten wir den Klassenerhalt schaffen.

1 Jahr später mussten wir durch Spielerabgänge, Verletzungen dem kleinen Kader Tribut zollen und somit stiegen wir wieder aus der Bezirksliga ab. 

Seither spielen wir in der 1. Klasse Nordost.